一、从属性上看，此类协议主要具有行政性，属于行政管理方式的一种。在上世纪八十年代以前，我国国有土地实行的是行政划拨供地制度。之后，政府供应土地方式由原来无偿划拨向有偿协议出让转变。但这一转变并没有改变政府供地的行政性。一是属性由来上，按照《土地管理法》、《房地产管理法》、《划拨土地使用权管理暂行办法》《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》相关规定，国有土地使用权出让较之划拨除是否缴纳出让金、使用权限和期限不同外，其目的仍为实现土地资源使用管理，高效配置有限土地资源，具有强烈的行政管理色彩。二是行为性质上，根据《行政许可法》第十二条第二项的规定，对作为有限自然资源开发利用的国有土地使用权出让行为属于行政许可；国有土地使用权出让合同，是从协商民主和便于履行出发，采取了协议的方式，实际上属于行政许可的转换形式。三是法律规范上，除上述法律行政法规外，湖南等省的行政程序规定，也将国有土地使用权出让合同列为行政协议，如《湖南省行政程序规定》第九十三条规定行政合同主要适用于国有土地使用权出让等事项。四是同类情况上，同为国有自然资源的矿藏的探矿权采矿权协议就属于行政协议。如国土资源部《关于进一步规范探矿权管理有关问题的通知》明确规定，探矿权出让合同属于行政合同，探矿权可以采取协议方式代替许可证取得；财政部、国土资源部《关于深化探矿权采矿权有偿取得制度改革有关问题的通知》亦规定：“登记管理机关可依法以行政合同方式与探矿权人就勘查工作法规规定及相关事宜作出约定，……对勘查实施方案的实施实行合同管理。”因此，国有土地使用权出让以协议的形式进行并没有改变政府机关行使土地行政管理职权的性质，不能仅仅从所有权的角度否定此类协议的行政性，而要看该所有权为谁享有以及该所有权以何种方式处分来界定。

三、从理论上看，此类协议属于公法私法化的典型代表，在保持行政性的同时融合了公法和私法各自优点。现代行政管理活动具有多元性、多样性和复杂性,行政机关不仅采用传统权力手段,还频繁借用私法领域中的合同手段来实现传统权力手段无法实现的行政目的。行政协议正是其中的最重要代表。它的出现产生了有别于“私法公法化”的另一种公私法融合的趋势：“公法私法化”。它意味着规范公共行政的法律在保持公法属性的前提下，也可以适用一些与公共行政不相悖的私法规则，最大限度地发挥两者的潜能，共同解决存在的问题。将国有土地使用权出让合同明确为行政协议，不仅可以解决长期以来单纯适用私法规则无法防止政府机关及其工作人员在国有土地出让领域滥权和腐败的问题，也可以最大限度地发挥私法规则的功能作用，更好地体现出让方和相关利害关系人的主体地位，确实保护其合法权益。

 综上，国有土地使用权出让合同是管理和特许使用国有土地使用权行为的方式，是政府机关履行国有土地行政职能，实现国有土地合理高效使用的有效途径，是依据行政管理法规，在协商的基础上订立的明确政府和使用者之间权利、义务关系的协议。根据新修改的《行政诉讼法》规定，应当明确将国有土地使用权出让合同作为行政协议，在不减损当事人适用民事规则时已获得的权利义务的前提下，将政府这只“有形的手”关进公法规则这个制度的笼子里。